githubで見ていたら意図しない部分で
ディレクトリに「→」マークが出て別リポジトリ扱いされていた。
確認すると案の定".git"が存在している・・・。
なんでこんなとこから？とは思いつつ記憶も復活しないので
このリポジトリを内包するリポジトリへ管理を移すために
$ rm -rf .git $ cd ../ $ git rm --cached <さっき.gitがあったディレクトリ> $ cd ../<内包していたリポジトリの頂点>/ $ git add -A
あとはコミットするなりすればキレイに
別リポジトリになっていた部分が内包していたリポジトリの管理に変わります。
#もっとスマートな方法がありそう・・・？
